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str鑒定結果的數據要怎么看？

發布時間：2024/10/8 8:49:30 閱讀次數：73

STR（Short Tandem Repeat，短串聯重復序列）基因位點由長度為3-7個堿基對的短串連重復序列組成，這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態性標記，被稱為細胞的DNA指紋，其可通過PCR（聚合酶鏈式反應）來檢測。

STR基因座上的等位基因可通過擴增區域內重復序列的拷貝數的不同來區分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法，即可根據所得的STR分型結果與專業的細胞STR數據庫做比對，從而推算出樣品所屬的細胞系或可能存在的交叉污染的細胞系名稱。

STR分型圖譜

根據實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息，會得到該細胞STR檢測結果的峰圖。一般而言，人源細胞或小鼠細胞STR圖譜上，一個基因位點只會出現1個或2個峰，即純合和雜合。一個基因位點出現3個及以上峰稱為多等位基因，當結果中出現大于或等于3個多等位基因提示可能存在同源物種交叉污染；存在1-2個多等位基因可能源于細胞變異,不視為污染。但要注意也可能是三倍體等多倍體突變現象。

圖1. 該人源細胞分型結果良好，無人源細胞交叉污染。其20個位點全部出單(純合)或雙峰(雜合)

STR位點信息

根據鑒定得到的細胞STR位點信息可在ExPASy細胞數據庫中進行比對，數據來源包括ATCC，DSMZ，JCRB 等細胞庫以及文獻和資料記載。

在檢測結果有效的前提下，將受檢細胞系的STR位點的基因分型數據與其對應的標準STR 基因分型數據進行比對，其匹配度與鑒定結果關系如下：

匹配度	鑒定結果
≥80%	為標準細胞系或為標準細胞系的衍生細胞系
55%-80%	結合細胞系形態、細胞系特異性標記物等做輔助分析并進行綜合判斷
≤55%	與其對應的標準細胞系不相關

細胞種屬鑒定

若需解決人及部分小鼠以外種屬細胞無法采用STR鑒定進行檢測的問題，以及種屬間細胞交叉污染的問題，可采用細胞種屬鑒定方法。通過提取細胞DNA，用種屬熒光復合引物MIX對動物線粒體COI基因進行擴增，然后用遺傳分析儀對擴增產物進行毛細管電泳檢測和分析的方法，快速準確地判斷檢測細胞的種屬以及是否存在不同種屬的交叉污染。

這種方法主要通過對應位置出峰來判斷是否為該種屬。需要注意的是，10-18S位點必須出峰，若未出峰，則表明擴增失敗。若細胞出現多峰，則表明該細胞存在交叉污染。