廣義上來說，凡是細胞培養體系中的外來成分或成分變化，都應視為污染，細胞污染不能完全被消除，但能減少其發生的頻率和后果的嚴重性。細胞污染根據污染源主要可以分為物理性，化學性和生物性污染。
微生物污染
微生物污染的原因可分為2個階段：實驗準備階段和實驗操作過程。準備階段的原因包括：實驗耗材滅菌不徹底；細胞房清潔度不夠，增加微生物污染風險；超凈臺潔凈度不夠，消毒不夠徹底，紫外線沒有預先照射足夠時間，表面沒有用酒精擦拭；沒有帶無菌乳膠手套；試劑本身已經污染，沒有檢測出來。實驗操作中的污染，往往是不夠嚴謹，粗心大意造成，如：手從無菌試劑的上方經過；移液器操作不當，液體接觸到移液器前端；移液管吸液過猛；吸頭忘記更換，導致交叉污染等。
不同的微生物污染物對細胞的影響也有差別，微生物中支原體和病毒對細胞形態和技能的影響是長期的、緩慢的和潛在的。而霉菌和細菌增殖迅速，能在很短的時間內抑制細胞生長或產生毒素殺死細胞。
1）霉菌污染：種類很多，導致細胞污染的大多是曲霉菌、白色念珠菌、酵母菌、黑霉菌、孢子菌等。霉菌污染后多數在培養液中形成淡黃色或是白色的漂浮物，一般肉眼可見，較易被發現，短期內培養液多不變混濁。倒置顯微鏡下可以看見細胞之間有縱橫交錯穿行的絲狀，樹枝狀或管狀菌絲，并漂浮在培養液中。很多菌絲在高倍鏡下可以看見鏈狀排列的菌株。念珠菌及酵母菌菌株呈卵圓形，散在細胞上及細胞周邊生長。處理：確認是霉菌污染，如果細胞種類不是特別的珍貴，直接放棄，并將實驗環節徹底消毒。萬不得已，可以嘗試抗霉菌素如兩性霉素B來清楚污染，實際操作中效果很難保證。
2）細菌污染：細菌污染較常見的有大腸桿菌，白色葡萄球菌，假單孢菌等。加用抗菌素的培養液可預防和排除個別一般少量細菌的污染。一旦發生細菌污染很容易發現，多數情況下培養液短時間內變黃，表明有大量酸性物質產生，出現明顯渾濁現象；有時靜置的培養液起初不混，但稍加震蕩，就有許多混濁物漂起。倒置顯微鏡下觀察，可見培養液中有大量圓球狀顆粒物漂浮，有時在細胞表面及周圍有大量細菌存在，細胞停止生長并有中毒表現。必要時可取少量培養液涂片染色檢查以明確細菌種類；有的培養液改變不明顯而有疑似污染，亦可向肉湯培養基內滴入少量培養液，37度培養以檢測。處理：一般用抗生素的常用量的5-10倍作沖擊療法，用藥24-48小時后再換常規培養液，有時在早期污染時此法有效。
3）支原體污染：支原體是一種大小介于細菌和病毒之間(最小直徑0.2um)并獨立生活的微生物，約有1%可通過濾菌器。支原體無細胞壁形態呈高度多形性，可為圓形、絲狀或梨形，在光境下不易看清內部結構。多數支原體適合于偏堿條件下生存(PH7．6—8．0)，對酸耐受性差，對熱比較敏感，對一般抗生素不敏感。支原體污染細胞后，培養液一般不發生混濁，多數情況下細胞病理變化輕微或不顯著，細微變化也可由于傳代、換液而緩解，因此易被忽視。但個別嚴重情況，可致細胞增殖緩慢，甚至從培養器皿脫落。如何確定是否有支原體污染，一般可用培養法或熒光染色法檢測，市場上有多種支原體檢測的試劑盒，本人試用過幾種，先達基因（gendx.cn）的ERA法支原體快速檢測試劑盒還不錯，兩步操作，20min出結果，靈敏度較高、速度比較快、操作簡單靈敏，可檢出的支原體覆蓋范圍非常比較廣，超過130（亞）種。
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