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Universal miRNA Cloning Linker (5′腺苷化3′封閉)

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 Universal miRNA Cloning Linker (5´腺苷化3´封閉),即通用miRNA克隆接頭(5´腺苷化3´封閉)或Universal miRNA Cloning Linker (5'adenylated, 3'blocked),是一種常用于miRNA等3’端為羥基的RNA或3’端為羥基的單鏈DNA在克隆、高通量測序建庫或PCR檢測等時,在3’端添加的接頭。

本產品5´端腺苷酰化(也稱5´端預腺苷;5´端預腺苷化,5′ pre-adenylated或5′ pre-adenylation),3´端氨基封閉,可以用于3’端為羥基的RNA的3’端接頭的添加。RNA連接酶可以識別“活化”的5´端腺苷酰化的本產品,在無需ATP存在的條件下,可將本產品的5´端與另外一條單鏈寡核苷酸的3´端羥基共價連接。利用5´端腺苷;,3´端封閉的本產品,加入RNA連接酶,在無需添加ATP的條件下,就能實現本產品5’端和目標序列3’羥基的特異性共價連接。例如和miRNA連接時,可以有效避免miRNA的自連、不同miRNA之間的連接、本產品的自連或本產品不同鏈之間的連接,而僅發生本產品5’端和miRNA 3’羥基之間的特異性連接。

本產品的電泳圖和連接效果圖請參考圖1。圖中可見,本產品條帶清晰,純度高,與5’端為磷酸化的序列相比有顯著的電泳遷移率差異(圖1A);并且本產品使用T4 RNA ligase 2 (T4 Rnl2), truncated與ssRNA連接時,連接效率非常高(圖1B)。

圖1. Universal miRNA Cloning Linker Linker (5´腺苷化3´封閉)及其連接效果圖圖。圖A. 本產品5´-rAppCTGTAGGCACCATCAAT–NH2-3´ (AppDNA)與5´-pCTGTAGGCACCATCAAT–NH2-3´ (pDNA)的電泳對比圖。圖B. 本產品(AppDNA)與ssRNA使用T4 RNA ligase 2 (T4 Rnl2), truncated的連接效果圖。圖中可見本產品與ssRNA有非常高的連接效率。

本產品的寡核苷酸序列是:5´-rAppCTGTAGGCACCATCAAT–NH2-3´。本產品的序列同NEB公司的S1315S Universal miRNA Cloning Linker。

本產品以水溶液的形式存在,濃度為40ng/µl,即6.9µM。

用途:本產品可以應用于小RNA克隆、miRNA文庫構建。

本產品的1µg小包裝約通?梢赃M行8-17次連接反應,5µg中包裝約通?梢赃M行40-85次連接反應。具體的連接反應次數和反應體系的體積和本產品的用量有關。

包裝清單:

產品編號 產品名稱 包裝
R0702S Universal miRNA Cloning Linker (40ng/µl) 1µg
說明書 1份

 

產品編號 產品名稱 包裝
R0702M Universal miRNA Cloning Linker (40ng/µl) 5µg
說明書 1份

保存條件:

-20℃保存,一年有效。-80℃保存,至少一年有效。

注意事項:

本產品僅限于專業人員的科學研究用,不得用于臨床診斷或治療,不得用于食品或藥品,不得存放于普通住宅內。

為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。

使用說明:
1.使用本產品與ssRNA的3’羥基末端連接推薦使用T4 TNA Ligase 2, truncated。也可以使用T4 TNA Ligase 2, truncated,K227Q,或T4 TNA Ligase 2, truncated,T4 TNA Ligase 2, truncatedKQ (R55K, K227Q)。
2.參考下表在冰浴中配制如下反應體系:

Reagent Volume Final Concentration
ssRNA xµl 0.5µM
DEPC-treated Water (1.1 or 2.55)-xµl -
Universal miRNA Cloning Linker (6.9pmol/µl) 2.9 or 1.45µl 1 or 0.5µM
PEG8000 (50%, RNase Free) 12µl 0.3
10X Reaction Buffer 2µl 1 X
RNase Inhibitor (40U/μl) 1µl 2U/μl
T4 RNA Ligase2, truncated (200U/µl) 1µl 10U/µl -
Total Volume 20µl -

注意:
a.由于涉及RNA操作,需要嚴格按照RNA操作的規范進行,避免RNase污染,相關試劑和耗材需要經過DECP處理去除RNase或者確保是RNase free的。推薦在連接體系中添加RNase Inhibitor,以避免ssRNA或其連接產物的降解,盡管經測試我們發現在嚴格操作的情況下,不加RNase Inhibitor也不會導致ssRNA或其連接產物發生明顯降解。
b.進行連接反應時,如果樣品RNA比較珍貴,希望充分被連接,可以按照接頭和樣品RNA的摩爾比為2:1的比例進行連接;如果樣品RNA比較充裕,同時感覺本產品的成本偏高時,可以按照接頭和樣品RNA的摩爾比摩爾比1:1甚至1:2的比例進行連接反應,這樣可以很好地節省本產品。
c.如果同時進行多個連接反應,可以把上表中除ssRNA之外的所有溶液和酶提前預混合,然后再分裝到各反應管內。
3.連接反應:25℃, 孵育60min。為了使連接反應更加充分,可以適當延長連接反應時間。
4.終止反應:65℃,孵育15min。

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