產品簡介:
在非變性 PAGE 中,DNA 的遷移率除跟長短相關外,還跟其構象和結合的 蛋 白 質 相 關 , 因 此 DNA 的 非 變 性 PAGE 電 泳 是 研 究 SSCP-PCR
(single-strand conformation polymorphism-PCR、單鏈 PCR 片段構象多態性)和凝膠滯阻(Gel Shift)的重要研究手段。本產品就是專門用于 DNA非變性 PAGE 的試劑
盒,它具有下列特點:
1. 一站式,用戶只需要準備去離子水和樣品,不需要單獨優化各種條件,十分方便。
2. 安全,免去了實驗人員接觸粉末狀的有毒物品丙烯酰胺。
3. PAGE 電泳后可直接用于銀染等后續試驗。
4. 可以用于 SSCP 和 Gel-Shift 實驗。
5. 本產品足夠 30 次 mini PAGE 凝膠電泳。
6. 本產品只能用于科研
下面的操作步驟是以 SSCP-PCR 的非變性 PAGE 電泳為例,其他應用請相應修改相關參數。
1. PAGE 濃度的選擇:根據 SSCP-PCR 和 Gel-Shift 的 DNA 長度選擇PAGE 凝膠的濃度。5%的 PAGE 的有效分辨范圍為 80-500bp、8%的PAGE 的有效分辨范圍為 60-400bp、12%的 PAGE 的有效分辨范圍為40-200bp。
2. 體積的選擇:SSCP-PCR 檢測需要長約 30-40cm 的測序膠板,Gel-Shift實驗一般只使用長度為 8-10cm 的 mini 凝膠,可以結合梳子的厚度,計算所需 PAGE 膠的體積。
3. 配制 PAGE 膠(下面以配制 100 mL PAGE 膠為例計算用量,配制更大體積的膠則需以此用量為基礎按比例增加):
A:新鮮配制 10%的 APS(過硫酸銨):稱量約 0.1 克硫酸銨干粉到一個1.5 mL EP 管中,按每 0.1 克過硫酸銨干粉加 1mL 自備去離子水的比例將水加到管中,搖晃到硫酸銨粉末全部溶解。配制好的 10%的APS 溶液可以在 4℃存放一周,超過一周不能再用。
B:新鮮配制 30%的丙烯酰胺-甲叉雙丙烯酰胺溶液(29:1):將 2g 甲叉雙丙烯酰胺倒入到裝有 60g 丙烯酰胺的 250mL 棕色塑料瓶中,天平上去皮,加入 146 mL 自備的去離子水,充分搖晃直到溶解(約需
10-20 分鐘)。此溶液簡稱為 30% AB 溶液,最好在一個月內用完,4℃保存。
C:配 SSCP PAGE 膠:在一個 250mL 的三角瓶中,先按下表的用量加入去離子水、30% AB 溶液和 10×TBE 電泳液。丙烯酰胺單體溶液具有神經毒性,一定要戴手套操作。
C:搖晃混勻。最好能抽真空 10-15 分鐘以去除溶液中的氧氣(氧氣能抑制丙烯酰胺聚合反應),無條件也可以不脫氧。
D:加入 500uL 10%APS 和 100uL TEMED,迅速搖勻后倒膠。
E: 在 PAGE 膠的液面距離達到頂部時停止灌膠,插入梳子。
F: 室溫聚合 30-60 分鐘(低溫抑制聚合反應,故最好室溫)。
G: 待 PAGE 膠凝固后拔出梳子,用 1×TEB 液沖洗加樣孔。
H: 放 4℃冰箱預冷 30 分鐘-12 小時。為了防止 PAGE 膠收縮,最好在其頂部加少量 1×TBE 緩沖液。使用預冷的 PAGE 膠有利于單鏈 DNA在電泳時保持其構型,這些構型靠 DNA 序列間的微弱的鏈內互補形成,對溫度很敏感。溫度越高,這些微弱相互作用越不穩定。
4. 將預冷后的 PAGE 凝膠板固定在電泳裝置上,往上槽和下槽中加入足夠 1×TEB 電泳液。
5. 取 3-5 uL SSCP-PCR 樣品,加入等體積 2×DNA 非變性 PAGE 上樣液,85℃處理 5 分鐘后冰浴。用前短暫離心后取 2 uL 上樣。上樣量跟檢測方法的靈敏度相關,上述上樣量是針對核酸銀染檢測法。
6. 連接電源線,打開電源開關。如果 PAGE 中不含甘油,則使用 25W 的功率,電泳 5-7 小時(對 3-40cm 長的 PAGE 膠而言)。如果使用含甘油的pAGE,則使用 8W 的功率,電泳 16-18 小時。由于溫度變化過大會改變 DNA 構型,所以電泳時最好能保持恒溫。對不含甘油的 PAGE,最好恒溫在 4℃、對含甘油的 PAGE,最好恒溫在 25℃。
1. 終止電泳,取出凝膠進行后續的銀染處理。不建議使用靈敏度低于銀染的方法,因為 SSCP 異構體的數量都比較少,一般方法沒法檢測到。