產品及特點 :細菌(Bacteria)廣義的細菌即為原核生物是指一大類細胞核無核膜包裹,只存在稱作擬核區(nuclear region)(或擬核)的裸露 DNA 的原始單細胞生物,包括真細菌(eubacteria)和古生菌(archaea)兩大類群。人們通常所說的即為狹義的細菌,狹義的細菌為原核微生物的一類,是一類形狀細短,結構簡單,多以二分裂方式進行繁殖的原核生物,是在自然界分布最廣、個體數量最多的有機體,是大自然物質循環的主要參與者。本公司開發細菌通用染料法熒光定量 PCR 試劑盒,它具有下列特點:
1. 即開即用,用戶只需要提供 DNA 模板。
2. 引物根據細菌專一區設計,特異性高。
3. 熒光定量 PCR 檢測,比常規 PCR 更加靈敏。
4. 一管式閉管操作,降低了交叉污染。
5. 本試劑盒足夠 50 次 20μL 反應體系的熒光定量 PCR。
6. 本產品只適用于科研,不能用于臨床診斷。
運輸及保存 低溫運輸、-20℃保存,有效期一年。
產品組成:
編號 | 成分 | 包裝 |
1 | 2×qPCR MagicMix | 500 μL(棕色管) |
2 | 熒光 PCR 專用模板稀釋液 | 1 mL(黃蓋) |
3 | 細菌通用染料法 qPCR 引物混合液 | 100 μL(白蓋) |
4 | 細菌通用染料法 qPCR 陽性對照 (1×10E8 拷貝/μL) | 50 μL(黃蓋) |
5 | 說明書 | 1份 |
自備試劑 DNA 模板、超純水、10×ROX(根據機型決定,具體見使用方法)。
使用方法
一、稀釋 PCR 陽性對照(以 10E2-10E7 拷貝/μL 這 6 個 10 倍稀釋度為例)
1. 注意:由于陽性對照濃度非常高,因此下列稀釋操作一定要在獨立的區域進行,千萬不能污染樣品或本試劑盒的其他成分)。為增加產品穩定性和避免擴散傳染性病
原,本產品不提供活體樣品做陽性對照,只提供可以直接使用的 DNA 片段作為陽性對照。
2. 標記 6 個離心管,分別為 7,6,5,4,3,2。
3. 用帶芯槍頭分別加入 45 μL 熒光 PCR 專用模板稀釋液(最好用帶芯槍頭,下同)。
4. 在 7 號管中加入 5 μL 1×10E8 拷貝/μL 的陽性對照,充分震蕩 1 分鐘,得1×10E7 拷貝/μL 的陽性對照。放冰上待用。
5. 換槍頭,在 6 號管中加入 5 μL 1×10E7 拷貝/μL 的陽性對照(上步稀釋所得),充分震蕩 1 分鐘,得 1×10E6 拷貝/μL 的陽性對照。放冰上待用。
6. 換槍頭,在 5 號管中加入 5 μL 1×10E6 拷貝/μL 的陽性對照到 5 號管中,充分震蕩 1 分鐘,得 1×10E5 拷貝/μL 的陽性對照。放冰上待用。
7. 重復上面的操作直到得到 6 個稀釋度的陽性對照。放冰上待用。
二、樣品 DNA 的制備
8. 如果有 N 個樣品,必須設置 N+2 個提取,多出的一個是 PC(樣品制備陽性對照),一個是 NC(樣品制備陰性對照)。可以用 10μL PCR 陽性對照的 10000 倍稀釋的(稀釋后濃度為 1×10E4 拷貝/μL,10μL 相當于 1 萬拷貝,可以將 10μL 原液加入到 990μL 自備 TE 溶液中,充分混勻,此為 100 倍稀釋液。再取 10μL 此稀釋液加入到 990μL 自備 TE 溶液中,充分混勻,此為 10000 倍稀釋液)再加上一定量的水作為制備的陽性對照(加水后其總體積跟樣品一樣,樣品體積多少取決于所用試劑盒的要求)。可以用水作為制備的陰性對照。制備所得成為樣品 DNA。
9. 用自選方法純化 N+2 個樣品的 DNA,本試劑盒跟市場上大多數核酸提取試劑盒兼容。
三、設置 qPCR 反應(20 μL 體系,在樣品制備室進行)
10. 如果做定量分析并且只做 1 次重復,則標記 N+9 個 PCR 管,其中 N+2 個用于上步得到的 N+2 個樣品,1 個用于 PCR 陰性對照,6 個用于標準曲線。如果做定性分析,并且只做 1 次重復,則標記 N+4 個 PCR 管,其中 N+2 個用于上步得到的N+2 個樣品,1 個用于 PCR 陰性對照(用水做模板),1 個用于 PCR 陽性對照(用第 4 號陽性對照稀釋液,濃度為 14810 拷貝/μL)。下面只描述定量分析的步驟,定性分析只是把 6 個標曲反應縮減成 1 個,其余不變。
11.在標記管中按下表加入各成分(本表只列出一次重復。樣品管和陰性對照設置完畢后才設置陽性對照,并且陽性對照樣品要等所有管子蓋上蓋子儲存好后最后加):
注:僅 ABI7500、7700 和 7900 儀器需要使用 ROX 作為對照,其他熒光 PCR 儀器(如 iCycler IQ、MJ Option、MJ Chromo4、MX3000、MX4000、RotorGene3000、RotorGene 6000 和 LightCycler480)不需要使用 ROX,則用水替代。
成分 | 樣品管N+2個 | PCR陰性對照管 | PCR陽性對照管(2-7管) |
2×qPCR MagicMix | 10 μL | 10 μL | 各10 μL |
細菌通用染料法 qPCR 引物混合液 | 2 μL | 2 μL | 各2 μL |
自備 10×ROX (見注) | 2 μL | 2 μL | 各2 μL |
N+2 待測樣品 cDNA 模板 | 6 μL | - | - |
自備超純水 | - | 6 | - |
第 7 步所得 PCR 陽性對照 稀釋液(2-7 號) | - | - | 各 6μL(2 號樣到2 號管,3 號樣到 3號管…) |
12.蓋上蓋子后上機,按下面參數進行 PCR(具體 PCR 參數可以根據儀器不同而自行優化)。
過濾 | 溫度 | 時間 |
預變性 | 95℃ | 5min |
PCR 反應 (40 個循環) | 95℃ | 15sec |
60℃ | 1 min,(采集 SYBR 通道的熒光信號) | |
按儀器預設程序進行熔解曲線分析 |
四、數據處理
13. 如果把本試劑盒用于定量檢測,則以陽性對照濃度的 log 值為橫軸,以 Ct 值為縱軸,繪制標準曲線。再以待測樣品的 Ct 值從標準曲線上推算出樣品 cDNA 濃度的log 值,再推算出其濃度。
14. 如果把本試劑盒用于定性檢測,只判斷陽性或陰性,則陰性對照 Ct 必須大于或等于 40。陽性對照必須有熒光對數增長,有典型擴增曲線,Ct 值應該小于或等于30。對待測樣品,如果其 Ct 大于或等于 40 則為陰性,如果小于或等于 35 則為陽性。如果在 35-40 之間,則重復一次。若重復結果 Ct 值小于 40,擴增曲線有明顯起峰,該樣本判斷為陽性,否則為陰性。